Ўзбекистон мустақил Республика деб эълон қилингандан кейин мамлакатда Президент И. А. Каримов раҳбарлигида амалга оширилган хайрли ишлардан бири чор ва совет мустамлакачилиги йилларида бегуноҳ қурбон бўлган, ўтган асрнинг 30-50 йилларида “халқ душмани” сифатида қатағон этилган ва шу сабабли номлари ўзбек халқи ҳамда маданияти тарихидан ўчириб юборилган сиймолар хотирасини абадийлаштириш орқали тарихий адолатни тиклаш бўлди.

Республика Президентининг 1999-йил 12-майда имзо чеккан Фармойишига кўра, Мустамлакачилик даври қурбонлари хотирасини абадийлаштириш комиссияси тузилди.

Чу йили июл ойида ҳукумат қарори асосида “Чаҳидлар хотираси” хайрия жамғармаси ташкил этилди. Натижада бўлғуси музейнинг кўргазма воситаларини шакллантириш бошланди.

2000 йил 12 май куни Тошкентнинг Юнусобод туманида барпо этилган “Чаҳидлар хотираси” ёдгорлик мажмуининг тантанали суратда очилиши мамлакат ва халқнинг ижтимоий, маданий ва маънавий ҳаётида улкан воқеа бўлди, қисқа муддатда мазкур мажмуа табаррук зиёратгоҳлардан, ёш авлодларни ватанпарварлик ва миллатпарварлик руҳида тарбиялашга хизмат қиладиган масканлардан бирига айланди.

Ўзбекистон Республикаси Президенти И. А. Каримовнинг 2001 йил 1 май санали “Қатағон қурбонларини ёд этиш кунини белгилаш тўғрисида”ги Фармони асосида “Чаҳидлар хотираси” ёдгорлик мажмуида “Қатағон қурбонлари хотираси” музейи барпо этилди.

Музей 2002 йил 31 августда – мамлакатда илк бор нишонланган “Қатағон қурбонларини ёд этиш куни”да тантанали равишда очилди.

Йодгорлик мажмуи ва музей барпо этилган жой ХХ асрнинг 20-йилларидан то Иккинчи жаҳон уруши бошлангунига қадар совет давлатининг жазо органларига қатлгоҳ бўлиб хизмат қилган. Тошкент шаҳрида отилган қатағон қурбонлари шу йердаги учта қатлгоҳга дафн этилганлар. Йодгорлик мажмуи ана шу собиқ уч қатлгоҳ ҳудудларини ўзаро бирлаштириб туради. Агар рамзий сағана ёдгорлик мажмуининг мемориал маркази ҳисобланса, музей биноси унинг маърифий маркази бўлиб хизмат қилади.

Музей биноси Бўзсу бўйида, баҳаво жойда жойлашган бўлиб, бир қаватдан иборат, йердан баландлиги 20 м. Дастлабки бино бир гумбазли 400 м2ҳажимдаги ягона экспозиция залидан ташкил топган. Бино атрофи 28 та нақшинкор устунлар кўтариб турган айвондан иборат бўлган. Унинг умумий майдони 784 м2 ташкил этган. Бино ўзбек миллий меъморлиги анъаналари асосида қурилган. Музейнинг биринчи экспозицияси 6 бўлимдан иборат бўлган.

2007 йилнинг 31 августида Президент И. А. Каримовнинг музейга ташрифлари чоғида, ушбу музей фаолиятини янада такомиллаштириш, қатағон қурбонлари тарихи ва аччиқ қисматини янада кенгроқ ўрганиш ва аск эттириш мақсадида унга қўшимча бино қуриш ҳақида айтиб ўтилди. Аждодларнинг анъаналарини давом эттириш, ҳозирги кунларнинг қадрига йетишга, экспозицияда нафақат бугунги кун, балки келажак учун ҳам ғоят муҳим аҳамиятга эга бўлган ҳужжат ва экспонатларни кўрсатилиши лозимлиги таъкидланди. 2008 йил 5 май куни давлат раҳбарининг “Қатағон қурбонлари хотираси” музейининг фаолиятини янада такомиллаштириш тўғрисида”ги ПҚ-861-сон Қарори қабул қилинди. Мазкур Қарор ижроси натижасида музейда катта ўзгаришлар амалга оширилди.

Музейнинг қайта таъмирланган ва кенгайтирилган биноси қўш гумбазли экспозиция учун мўлжалланган 3 та залдан иборат иншоот бўлиб, атрофини ўйма нақшинкор айвон ўраб туради. Айвоннинг тўрт тарафидан 42 та миллий нақшлар ўйилган, бўйи 5 ярим метрли устунлар кўтариб туради. Бинонинг экспозиция залларининг майдони 960 м2 ташкил этади. Айвон қисми 640 м2, йер тўласи 1568 м2.

Музей экспозицияси 10 та бўлимдан иборат: “Қатағон қурбонлари хотираси” музейнинг янги экспозициясини ташкил қилиш жараёнида ЎзР Фанлар академияси, ЎзР Архив агентлиги, Картография бошқармаси, Ўзбекистон матбуот агентлиги, Ўзбекистон миллий телерадиокомпанияси, Маданият ва спорт ишлари вазирлиги, Ўзбекистон алоқа ва ахборотлаштириш агентлиги, Весмистр Университети, Ўзбекистон Бадиий академияси, Мудофаа вазирлиги, “Совпластитал” корхонаси билан ҳамкорликда иш олиб борилди. Чу билан биргаликда Ички ишлар вазирлиги, Миллий Хавфсизлик хизмати, Олий суд фондларида сақланаётган ҳужжатлардан экспозицияда фойдаланиш учун олинди.